I slutningen af vikingetiden og i middelalderen begyndte man at bruge de ”stungne runer”, altså runer med en prik eller et hul i (at stinge betyder at prikke hul eller stikke). F.eks. hvis man vil skrive navnet ”Dorte” vil det med runer i middelalderen se ud som vist til højre: "dorte", hvor d-lyden er gengivet som en t-rune med en prik på og e-lyden som en i-rune med en prik. Først i løbet af middelalderen begyndte man dog at bruge de stungne runer p og v.
I middelalderen beholdt man vikingetidens futhark som helhed, men enkelte runer kom til at se lidt anderledes ud, og nogle runer skiftede karakter: o betegnede nu o, og y betegnede y. Sproget var nu blevet til gammeldansk, men man brugte også runer til at skrive på latin med.