De antikvariske opgaver på søterritoriet er fordelt blandt regionale museer i Danmark. Her har Nationalmuseet dog ansvar for større områder: Vadehavet, farvandet omkring Den sjællandske Øgruppe og Østersøen omkring Bornholm. De marinarkæologiske opgaver i disse områder udføres af Vikingeskibsmuseet i Roskilde, som Nationalmuseet samarbejder med.
